Phoca Commander is een extensie waarbij je makkelijk snel bestanden kan aanpassen en rechten in kan stellen. Het heeft een twee-venster layout waarbij je dus je online en lokale overzicht op één computerscherm hebt. Je kan er de volgende bewerkingen mee uitvoeren: rechten aanpassen (CHMOD), hernoemen, bekijken, bewerken, kopiëren, verplaatsen, nieuwe map aanmaken, verwijderen, unzip, zip en uploaden.